Teori bahwa asal usul manusia & kera itu berasal dari nenek moyang yang sama. Bukunya On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or The Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life (The Origin of Species) 1859 merupakan karyanya yang paling terkenal sampai sekarang.
Menurut Charles Darwin manusia merupakan hasil evolusi dari kera yang terus menerus berkembang.
Evolusi adalah perubahan pada sifat-sifat terwariskan suatu populasi organisme dari satu generasi ke generasi berikutnya. Perubahan-perubahan ini disebabkan oleh kombinasi tiga proses utama: variasi, reproduksi, dan seleksi. Sifat-sifat yang menjadi dasar evolusi ini dibawa oleh gen yang diwariskan kepada keturunan suatu makhluk hidup dan menjadi bervariasi dalam suatu populasi.
Dalam gambar diatas digambarkan manusia modern yang saat ini berkembang dari kera yang mengalami evolusi beradab-abad hingga menjadi manusia modern yang ada sampai sekarang. Perkembangan ini didasarkan atas temuan-temuan dari homo sapiens , pitecantropus erectus , megantropus erectus sampai Megantrophus Paleojavanicus di berbagai penjuru dunia.
Darwin sendiri menyadari bahwa teori evolusinya itu sulit untuk dibuktikan. Dalam bab Difficulties of the theory Darwin menulis:
“jika suatu spesies memang berasal dari spesies lain melalui perubahan sedikit demi sedikit, mengapa kita tidak melihat sejumlah besar bentuk transisi dimanapun ? Mengapa alam tidak berada dalam keadaan kacau balau, tetapi justru seperti kita lihat, spesies-spesies hidup dengan bentuk sebaik-baiknya ? Menurut teori ini harus ada bentuk-bentuk peralihan dalam jumlah besar, tetapi mengapa kita tidak menemukan mereka terkubur di kerak bumi dalam jumlah tidak terhitung ? Dan pada daerah peralihan, yang memiliki kondisi hidup peralihan, mengapa sekarang tidak kita temukan jenis-jenis peralihan dengan kekerabatan yang erat ? Telah lama kesulitan ini sangat membingungkan saya”.